位於和安里四德巷，成立於民國八十三年二月二十九日，以陳列出土之化石為主，甲仙出土化石年代主要屬於中新世晚期，距今約五百二十萬年關刀山砂岩中。

出土化石多為貝類化石，當時甲仙位於桂竹林內海中，後因台灣主要造山運動，兩百萬年前的蓬萊造山運動(顧台灣又稱蓬萊仙島)，將海底沉積岩推擠隆起，形成現在的中央山脈及阿里山山脈，依地質年代研判，可知阿里山山脈原屬中央山脈的上部岩層，因造山運動由東向西隆起爾滑落，甲仙地區地層錯綜複雜的地層年代排列，恰巧目前裸露的岩層為中心世晚期海底沉積岩，因此有大量當時的貝類化石在甲仙出土。

全館館藏六千餘件，已儼然成為指標性的地方專業博物館深具學術及觀光價值