1895年6月，台灣割讓給日本。許多漢人不願接受日本統治而起兵反抗，是為乙未戰爭。北埔姜紹祖也組織「敢字營」義勇軍抗日，但最後仍壯烈成仁。其自輓詩曰：｢遑戍孤軍自一支，九迴腸斷事可知，男兒應為國家計，豈可偷生降夷敵？｣。此為日本治台後「第一次北埔事件」。

1907年（明治四十年），台灣經日本12年的統治，但仍有許多漢人無法接受高壓統治。峨眉鄉人蔡清琳曾為巡查補（日治時期的基層警員），後因理念不合離職。他對新竹北埔山區的漢人與賽夏族原住民自稱為「聯合復中興總裁」，謊稱清廷大軍即將登陸新竹，並利誘賽夏族大隘社頭目大打祿（漢名趙明政）加入，開出高額獵殺獎金（如「奪一把日本巡查配劍賞二十元」）。

峨眉鄉人蔡清琳係大隘地區接受日語教育的第一人，諳日語、膽識過人。時值台灣總督府派遣隘勇征討大嵙崁原住民，北埔地區的隘勇因恐懼而浮動，蔡清琳伺機以 「復中興聯合隊」為號召，擊退日本、光復台灣為最後目的，聚集隘勇及原住民。

1907年11月14日，由北埔人何麥榮及賽夏族人共150餘人攻打北埔鄉支廳各分遣所。群眾最後攻打日警北埔支廳（即今金廣福公館），並且殺害北埔地區的北埔支廳廳長渡邊龜作、郵電局長、日警與日本人共57名，其中包括屠殺了5位4至10歲的小孩，但蔡清琳方面卻毫無動靜。

台灣總督府聞訊非常震怒，立即派兵從新竹到北埔來鎮壓，進行圍捕，參與武裝起事的台灣人死傷慘重，紛紛退入北埔山區，蔡清琳更跑到五峰鄉避難。當時日軍派駐北埔的人數約有二千人，日軍指揮官口喻當時北埔莊莊長徐泰新，如果逮捕不到這些抗日分子，就要把北埔莊民全部殺掉。

造成內大坪居民無辜被殺害近百人，而北埔地區居民人心惶惶，產業停擺，冤屈事件頻傳，因此，徐泰新馬上找來北埔望族姜家的負責人姜振乾商討如何安撫日軍，於是姜家願意負責日軍在北埔期間所有的開支費用，並獲倖免於難的北埔公學校長安部手作從中說項，向政府請求不要殺害無辜的北埔百姓，局勢漸趨緩和。。同時北埔鄉長也要求何麥榮等抗日人士敢做敢當不要牽連北埔鄉親。到了11月底，亂事便已全部平息，而附和的賽夏族人知道受騙，將蔡清琳槍殺，並另行砍下十多名義勇的頭，與蔡清琳的屍骸一起交給日軍。最後，日本軍警就此事逮捕百餘人。

1907年12月在北埔開設臨時法院審理此案，經審判後，該事件的首從共有9人被台灣總督府判處死刑，有期徒刑或行政處分者則為97人。並且秘密處死許多客家人。但由於當時對原住民採「懷柔政策」，對於賽夏族僅沒收其槍械。而趙明政則佯死隱居避禍。1907年12月23日，發起事件的抗日人士全部被日軍處死於內豐地區。

在第二次北埔事件後立有「五子碑」，以紀念事件當中遇害的五位日本兒童。此事件為日治初期的重要武裝抗日事件，早於羅福興、余清芳等的抗日事件，事後台灣總督府 對於日警欺壓台人的現象亦有改善。此反日事件的起事者多為鎮守隘勇線的漢人兵勇或隘勇線外的原住民，台灣總督府以此為借鏡多加整頓該組織，另外，也重新調整與加強理蕃政策。改採不借漢人之手，直接管理原住民的政策。不過，之後卻因此引起更大的霧社事件。

（文字整理自維基百科、北埔老聚落古蹟文化歷史網之「北埔事件」）