東澳車站內設置有島式月台兩座,雖然是設置在地面上的車站,但月台區實際上是位在一個土堤構造的上方,部分月台跨越蘇花公路(台9線)。由於同時兼有水泥貨運集散的功能,因此站區內用地寬廣,設有多條主要供貨運使用的側線。