當年日本人占領台灣時，在斗六一帶碰到強烈抵抗，扺抗力量是來自清朝未撤退的軍隊以及忠貞愛國志士。這期間曾先後三次將日本人逐出斗六地區，最後一次甚至趕出鹿港鎮（日本軍佔領台灣中部是由鹿港上岸）。此時教會遭受許多惡意的謠言中傷，傳言天主教教友招呼日本人入侵，並且作為響導，樹仔腳位在斗六東北方接近濁水溪旁，距斗六有些距離，因而不在抗日志士的控制範圍，加上樹仔腳當時是小村落，並不顯眼，所以未如鄰近地區的教會遭受嚴重政擊，故當地傳到未受騷擾。

樹仔腳天主堂的歷史

光緒16年(1890)，樹仔腳的天主徒邀請羅厝本堂神父高希龍(Francisco Giner)到樹仔腳傳道，租用一間竹造屋做為臨時佈道所。明治34年(1901)，洪羅烈神父(Angel Rodriguez)管理樹仔腳教會，因原來靠濁水溪旁的佈道所，常有水患，遂在饒平厝買了一大塊地(現天主堂所在地)，先建造一座土确牆稻草屋頂的聖堂，後改成木造聖堂。大正２年(1913)重建一座非常美麗、格局較大的木造西式教堂。昭和９年(1934)，德增輝神父(Vincent Prada)恐木造教堂被白蟻蛀壞，因而重建一座水泥磚造、融合哥德和巴洛克風味的天主堂。民46年(1957)，第二個漢人神父高樹人重建以水泥和磚塊為建材的聖堂，又加建神父宿舍、道理廳及四周圍牆。建築風格改成線條簡潔、穩重典雅的巴洛克式.資料來源: 田野調查

   來到這裡,彷彿進入仙境,莊嚴精緻雕刻的巴洛克建築,令人豎然起敬,村裡的長輩常在這裡回味日據時代,因戰爭恐慌,沒有糧食，天主堂就是一最大的食物銀行,發放麵粉、糧食，濟苦救難，就像大地的母親保護著大家，村子裡的民眾每個星期會到這裡做禮拜 ,提供給民眾的最大心靈寄託，虔誠的信徒，加上精緻特的巴洛克建築物，把這裡點綴成最具人文氣息的天主教朝聖地，吸引各地信徒紛紛來朝聖，是非常值得尋訪的好勝利。

樹子腳聖若望天主堂,兩旁燈柱上面寫著「大聖若瑟、勞工主保」用詞也很中西合併，真的很有意思內部設計也很像東方廟宇，只是供奉的是西方的神明，天主手上抱著的小孩，應該就是耶穌吧.. 東方人尊重神明的方式，就是會用香祭拜，看到香爐，驚訝的覺得有點不可思議，不過這樣的做法已經持續上百年了彷造洞穴的設計，不知道有什麼用意，也許讀過聖經的朋友更能理解！這裡用香祭拜外，還準備了大把鮮花大榕樹是這裡相當重要的地標因為當地人都稱這邊為「樹仔腳天主堂」