由於下湖口是在樹苓湖的南方新形成的潟湖口岸，因地理形勢所形成的航運之便，帶來商業繁榮，卻也因此特殊地形在未來促成嚴重的死傷，也就是當地民眾俗稱的「湖內洗港」，因遭逢此劫厄，此水災使下湖人口逐漸衰退，加上泥沙淤積，下湖港的盛況逐漸衰退，到了日治末期，為其他港口所取代。

清治道光二十五年（1845年）農曆六月初六大雨連宵，初七忽然狂風大作加上暴雨襲擊，磅礡的雨勢使得暴漲的北港溪與牛挑灣溪溪水灌入樹苓湖，又因西邊兩道沙汕阻隔溪水入海，來不及宣洩的溪水在強烈西南向颱風襲捲下，形成龐大風暴潮，倒灌進沿海地帶，造成湖內洗港的慘況，一夜之間，從虎尾溪到北港溪沿海一帶，全部淹沒，尤以下湖口一帶的九個村莊（下湖、蚶仔寮、黛仔挖、新港、無尾敦、蝦子寮、下崙仔、泊仔寮、竹苗寮）最為嚴重，其中蝦子寮與竹苗寮更是全軍覆沒。直至六月十二日雨勢稍減，海水退潮，沿海一帶橫屍無數，根據官方統計死亡人數為三千人，但此應為保守數字，民間說法為七千多人，且當地所有田園跟魚堤都已毀壞，屍體數量無法單靠民力收埋，必須倚靠官兵才得以收埋，當地所有的棺材跟草蓆早已被買盡，為了不使無法收埋的屍體曝屍荒野，只好集體挖坑分四處埋葬，稱萬人塚。

迨收埋過程告一段落，由臺灣兵備道熊一本、臺灣鎮總兵葉長春會同臺灣府知府仝卜年向道光皇帝稟告災情，為了體恤百姓，皇帝特准開義倉榖米一千石並撥銀三千兩賑災，另將收埋罹難人民的萬人塚敇封為「萬善同歸」，但可能是因為災後飢荒和屍體腐敗後發出的惡氣，導致當地之後又發生瘟疫，死了三千人，於是當地開始謠傳如此慘烈的災情是因為道光皇帝開的金口，導致死亡人數與民間統計的七千人湊為「萬」善同歸。